Defensa central aguerrido, diestro, de buena planta (cerca del 1,90), dominador del juego aéreo, ganador de duelos y con capacidad, incluso, para adaptarse al lateral derecho. Formado en el Sportivo Independiente (General Pico), Facundo Agüero dio el salto a Instituto de Córdoba (de 2015 a 2020), donde disputó un total de 87 partidos y convirtió tres goles, en la Primera B Nacional.

Luego se sumó al Deportes La Serena (Chile), entre 2020 y 2021, en la máxima categoría del balompié chileno (39 presencias, sumando un gol más a su palmarés). El CA Unión de Santa Fe (2022) y el CA Rosario Central (2023) fueron sus siguientes destinos profesionales, con 18 (15 de Liga, tres de Copa Argentina y un gol) y nueve partidos oficiales (cinco de Liga y cuatro en el torneo copero), respectivamente.

Además, con el conjunto rosarino se proclamó vencedor de la Copa de la Liga Profesional de Fútbol de AFA. Colombia, y en concreto el Club Independiente Santa Fe, fue su nueva e igualmente exigente estadía, al competir en la máxima categoría. Hasta el momento, en la que había sido su última experiencia profesional, disputó 23 compromisos (21 de Liga y dos de Copa).

Sportivo Independiente; Instituto de Córdoba; Deportes La Serena; CA Unión de Santa Fe; CA Rosario Central; Club Independiente Santa Fe y CD Tenerife.